市农牧局设12个内设机构。
（一）办公室。负责文电、会务、机要、档案、计划生育、后勤服务管理等工作；负责政务信息、督查催办、机关安全、保密等工作；负责目标绩效考核管理工作；负责对外宣传、新闻发布、舆情管理和政务公开工作；负责本部门网上名称管理工作；负责机关重大突发事件应急综合管理工作；制定机关有关制度并组织实施。
（二）人事政工科。负责机关和所属单位的组织人事管理、党群、机构编制等工作；受委托承担农业系列中级职称和农民技术职称评审有关工作；承担农业职业技能开发工作,参与实施农村实用人才培训工程；会同有关部门依法实施农业农村人才专业技术资格和从业资格管理；承担全市农业系统人事劳动统计工作；负责机关及所属单位出国人员的审查工作；会同有关部门拟订农业人才队伍建设规划并组织实施。
（三）财务科。提出促进农业和农村经济发展的财政金融、保险支持有关政策建议；编报部门预算并组织执行，组织预算项目绩效评价；提出扶持农业农村发展的财政政策和项目建议,与市财政部门协商并共同组织实施；落实并指导、监督机关和所属单位财务管理、国有资产管理、政府采购管理工作；组织开展内部审计；牵头落实综合治税工作。
（四）政策法规科。组织拟订农业产业政策,提出农业产业保护和发展的政策建议；拟订农业经济结构调整规划和意见;组织开展农业农村经济重大问题调研；参与起草农业农村经济地方性法规、规章草案;指导农业行政执法体系建设；负责农牧渔业执法监督；承担农牧渔业行政复议、行政应诉工作；承担机关有关规范性文件合法性审核工作；指导全系统法制宣传教育工作；负责全系统综合治理、信访工作；负责农村固定观察点工作。牵头协调行业安全生产；负责全系统消防工作。
（五）科技教育科。承担全市农牧渔业科技创新体系和现代农牧渔业产业技术体系建设相关工作；承担农牧渔业技术引进、成果转化和示范推广工作；承担指导农技推广体系建设工作；承担新型职业农民培育工作；承担农业转基因生物安全监督管理工作；承担指导农用地、宜农滩涂、宜农湿地、农业生物物种资源保护和管理工作；指导农村可再生能源开发利用工作；指导生态农业、循环农业发展和农村节能减排工作；承担农业野生植物保护和外来物种管理相关工作；指导农牧渔业教育工作。
（六）行政审批服务科。承担农业、畜牧、渔业、农机在市行政审批服务中心的各项行政审批服务工作。
（七）农业科。拟订全市种植业发展政策、规划、计划并组织实施；指导种植业结构和布局调整及种植业标准化生产等工作；负责种植业生产技术指导与田间管理工作；负责科学施肥、耕地质量管理、发展节水农业和水肥一体化相关工作；负责耕地质量等级评价，发布耕地质量信息；负责苗情、墒情、病虫情等农情信息的监测与发布；组织抗灾救灾和救灾备荒种子、化肥等生产资料的储备和调拨；负责农业植物品种管理、新品种保护、农作物新品种审定相关工作；负责种子市场管理、种子(种苗)审批和肥料、农药登记及监督管理有关工作；组织开展农作物遗传资源的开发利用保护工作；承办国内和进出境植物检疫有关事宜；组织植物检疫性有害生物普查；承办农作物重大病虫害的防治事宜；负责农业技术试验示范及推广应用。
（八）发展计划科。拟订全市农业、农村经济发展战略、中长期发展规划，编制年度计划；提出全市农业固定资产投资规模、方向和财政性资金安排意见，按市政府规定权限审批、核准市规划内和年度计划规模内固定资产投资项目;负责现代农业示范区管理、指导及监管；负责协调支农金融服务平台建设；负责农业资源区划工作；配合拟订农业开发规划；配合市财政部门组织实施农业综合开发项目有关工作；配合有关部门做好行业扶贫、援疆、民族地区、革命老区等对口支援工作；牵头落实稳增长保运行工作。
（九）市场与经济信息科（济源市农民负担监督管理办公室）。组织拟订农产品市场体系建设规划；组织拟订“菜篮子”工程建设规划并组织实施；拟订都市农业发展规划并组织实施；提出促进农产品流通及农产品市场调控的政策建议；负责全市农业信息化建设；协调推进农业信息化工程建设项目；负责农业部门综合统计工作，监测分析农业和农村经济运行情况；发布农业和农村经济信息；培育、保护和发展农产品品牌；负责农业展会的组织协调工作；提出有关减轻农民负担的政策建议，建立和完善农民负担监督管理制度并组织实施；承担监督减轻农民负担和村民“一事一议”筹资筹劳管理工作；监督各项强农惠农政策落实，会同有关部门监督治理农村乱收费、乱罚款和各种摊派；参与审核市有关部门涉及农民负担的文件、项目和标准；协助查纠加重农民负担行为；承担政府间农业涉外事务；参与农业贸易谈判及产业损害调查相关工作；组织开展全市农业贸易促进和农业对外经济、技术交流与合作；负责农产品出口基地建设，配合有关部门做好农产品出口工作；承办农业对外援助有关事宜；承担协调管理我市与有关国际农业组织或机构的合作交流事务；牵头落实企业服务工作。
（十）农畜产品质量安全监督管理科。对农畜产品质量安全监管提出相关政策建议；指导农牧业标准化生产管理工作；参与拟订农畜产品质量安全及相关农牧业投入品标准并监督实施；组织开展农畜产品质量安全风险评估工作；指导农牧业检验检测体系建设；拟定并组织实施农畜产品质量监测计划；牵头与农畜产品质量安全有关的农牧业投入品质量及使用监管工作；组织协调农牧业生产资料市场整治规范工作；依法开展农畜产品产地认定、产品认证和监督管理有关工作；承担组织开展农畜产品质量安全监督管理有关工作。组织制定饲料工业发展和草原保护建设政策、规划并组织实施；监督执行饲料产品质量标准和行业技术规范;负责饲料行业质量监督管理工作;负责饲草饲料资源保护和开发利用工作;负责饲料中添加“瘦肉精”等违禁物质监管工作；负责制定饲料产品和牧草种子监测抽检计划;组织饲料行业新技术、新产品推广应用;负责草场建设、保护和监理工作；承担饲料工业统计工作；指导饲料企业执行饲料质量安全管理规范；负责奶站及生鲜乳安全监管;指导生鲜乳收购站布局规划和建设，负责生鲜乳收购站监督管理工作;负责生鲜乳生产环节、收购环节、运输环节监督管理工作;制定并组织实施生鲜乳质量安全监测计划;指导建立养殖档案和生鲜乳收购、销售、检测记录；研究制定突发农畜产品质量安全应急管理预案、应急处置技术规范和操作规程; 组织开展突发重大农畜产品质量安全事件应急处置工作。
（十一）畜牧科（奶业管理办公室）。指导全市畜牧业发展;负责畜牧业发展有关规划实施工作;参与扶持全市畜牧业发展的政策研究并组织落实;指导畜牧业结构调整、规模化养殖和产业化发展;拟订畜禽改良规划，组织开展畜禽遗传资源登记、保护和开发利用工作;组织开展畜禽新品种培育和推广工作；依法负责种畜禽生产经营监督管理工作;指导全市畜牧业生产环境保护工作，依法负责畜禽养殖废弃污染物综合利用的指导和服务工作;负责全市畜牧业生产监测、预警和行业统计工作。拟订奶业发展规划、计划，提出政策建议并组织实施;指导奶源基地建设，标准化生产和奶畜养殖管理；牵头落实面源污染工作。
（十二）防疫检疫科(市政府重大动物疫情应急指挥部办公室)。拟订动物防疫有关政策并组织实施，组织制定并实施全市动物疫病防治规划、动物防疫检疫基础设施建设规划；组织开展动物防疫工作；承担重大动物疫病强制免疫疫苗订购与管理工作，归口管理兽医行政执法和技术支持机构。研究制定突发重大动物疫情应急管理预案、应急处置技术规范和操作规程;负责病死畜禽无害化处理长效机制建设；组织制定全市重大动物疫情应急体系建设规划;具体组织市重大动物疫情应急信息化指挥系统建设。负责市级重大疫情应急指挥平台运行和管理工作;组织市级重大动物疫情应急物资储备库建设，负责应急储备资金、物资管理和调度工作;负责组织开展重大动物疫病防控日常应急培训和应急处置演练工作;组织突发重大事件应急处置工作;负责突发重大动物疫情应急预备队伍和技术专家组建设管理;承担市政府重大动物疫情应急指挥部办公室日常工作。承担官方兽医、执业兽医及乡村兽医管理工作；负责兽药生产企业、经营企业和兽药使用环节的监督管理工作，拟订兽药质量监测检验体系建设规划和兽药质量监督抽检、兽药残留监控计划；承担动物病原微生物实验室安全管理工作。
离退休干部科。负责机关离退休老干部工作，指导所属单位的离退休老干部工作。